1972年9月5日凌晨5点,当运动员们正准备起床参加奥运会的第10天比赛的时刻,由大约10名巴勒斯坦“黑九月”成员组成的突击队悄悄来到了奥林匹克村。这些人身穿黑衣服,涂黑了手和脸,带着武器,在朦胧的天色掩护下翻墙进入村内。当时,守卫人员曾看到有人入内,却认为是那些在深夜出去之后,又没有带通行证的运动员悄悄返回住所。
恐怖分子冲进了第三十一区的以色列代表团驻地,枪声打破了沉睡的奥运村的寂静。以色列的举重教练莫歇-魏因贝 格尔第一个发现有一小队持枪的人摸到了以色列运动员住处的门口,他大叫一声“逃命!”一排子弹射倒了他,他成为这次事件的首位牺牲者。以色列队员们从睡梦中惊醒,一位负责人尤素福-戈特弗罗在设法关门挡住突击队的时候中弹倒下。结果有9名以色列运动员成了被劫持的人质。
到了早上9时,整个奥运村被整整12,000名警察和24名狙击手重重包围,恐怖分子在中午时分提出要求,要求的内容包括释放被关在以色列监狱中的200名巴勒斯坦人,并且让他们安全离开西德。经过近一整天的谈判,西德方面同意派飞机将恐怖分子和人质一起运到开罗,并派出3架直升机把他们从奥运村送往菲斯滕菲尔德的布鲁克军用机场。
此时,西德方面担心以色列人质到达开罗后会有生命危险,决定在机场发动攻击,救出人质。在机场上,德国人开火了,但是没能打中目标。枪声一响,恐怖分子立即向着人质开枪,9名以色列运动员倒在了机场上。在枪战中,一共有9名以色列运动员、两名警察和5名恐怖分子死亡。4名恐怖分子被捕。
9月6日,国际奥委会主席宣布当天为哀悼日,慕尼黑体育场比赛暂停一夭,改成有8万人参加的追悼会。9月7日 ,比赛才恢复举行。奥林匹克运动场下半旗以悼念这次袭击的受害者。